По 3 пункту ментор: "В классе MainModel метод deleteUserById(long) должен установить список всех активных пользователей объекту modelData."
public void deleteUserById(long id) {
        userService.deleteUser(id);
        loadUsers(); // -> тут устанавливаю активных пользователей объекту modelData.
    }
По 6 пункту ментор: "Ты не добавил в класс MainModel метод getAllUsers()." Вот, добавил:
private List<User> getAllUsers(List<User> all) {
    return userService.filterOnlyActiveUsers(all);
}
По 7 пункту ментор: "В методе loadUsers() используй метод getAllUsers(), и не забудь обновить модель."
public void loadUsers() {
        List<User> userList100 = userService.getUsersBetweenLevels(1, 100);
        userList100 = getAllUsers(userList100); //фильтруем "живых" пользователей // -> использую метод getAllUsers()
        modelData.setDisplayDeletedUserList(false);
        modelData.setUsers(userList100);
    }