Написал решение при помощи обертки на XMLStreamWriter. Разобрался с помощью этого ответа на SO XMLStreamWriter не умеет писать тег standalone в прологе(или я не нашел), поэтому пришлось подсовывать его через replace CDATA учитывается, взял отсюда решение через паттерн Что еще надо, не могу понять :(