Данные дублируются и в файл и на консоль. Проверял так:
public static void main(String[] args) throws IOException {
    BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader("/infile.txt"));
    FileConsoleWriter writer = new FileConsoleWriter("/outfile.txt");

    while (reader.ready()) {
        writer.write(reader.readLine());
        writer.write(System.lineSeparator());
    }

    reader.close();
    writer.close();
}