С самой задачей я уже разобрался, но в ходе написания заметил одну странную деталь, Приведу пример (он неверный, написал так чтобы показать). как я понимаю условие if (a!=0 || b!=0 || c!=0) - если одна из переменных a, b или c равна нулю код в фигурных скобках не выполняется. Но на практике почему-то наоборот. 
package com.javarush.task.task04.task0429;

/*
Положительные и отрицательные числа
*/

import java.io.*;

public class Solution {
	public static void main(String[] args) throws IOException {
		BufferedReader rd = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
		int a = Integer.parseInt(rd.readLine());
		int b = Integer.parseInt(rd.readLine());
		int c = Integer.parseInt(rd.readLine());
		int d = 0;
		int t = 0;
		if (a!=0 || b!=0 || c!=0) {
			if (a>0) d++;
			else t++;
			if (b>0) d++;
			else t++;
			if (c>0) d++;
			else t++;


		}
		System.out.println("количество отрицательных чисел: " + t);
		System.out.println("количество положительных чисел: " + d);
		}

	}