Не понимаю почему пишет что я выхожу за индексы массива.

if (count % 2 == 0) { // допустим, count = 6
    fos1.write(buffer, 0, count / 2 - 1); // в первый файл - 6/2 -1 = 2 байта
    fos2.write(buffer, count / 2, count - 1); // во второй - начиная с 3-го, всего 6-1 = 5 байт (до 8-го из 6)
}