То есть я понимаю что 0 это 0, что он не положителен и не отрицателен. Но как дописать это в код я не пойму... 
package com.javarush.task.task04.task0429;

/*
Положительные и отрицательные числа
*/

import java.io.*;

public class Solution {
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        BufferedReader r = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
        int a = Integer.parseInt(r.readLine());
        int b = Integer.parseInt(r.readLine());
        int c = Integer.parseInt(r.readLine());
        int f = 0;
        int g = 0;
        if (a>0 && b>0 && c>0){
            f = 3;
            g = 0;
        }else if (a>0 && b>0 || b>0 && c>0 || c>0 && a>0){
            f = 2;
            g = 1;
        }else if (a>0 || b>0 || c>0){
            f = 1;
            g = 2;
        }else if (a<0 && b<0 && c<0){
            f = 0;
            g = 3;
        }
        System.out.println("количество отрицательных чисел: " +g+"\n"+"количество положительных чисел: " + f);

    }
}