1. Говорит что я записываю файлы в порядке добавления, а не в порядке возрастания индекса: "Файлы переписывать нужно не в порядке добавления, а от первой части к последней." - Но TreeMap автоматом их сортирует по ключу. 2. "Чтение и запись должны происходить с использованием буфера" - он есть в цикле записи. 3. "Поток записи в файл не был закрыт." - завершающая программу строка закрывает этот поток.