Логику кода в соответствии с условием задачи реализовал верно, но вывод в файл получался не такой, как в примере. В тесте при чтении первый символ выводит неизвестный, и вообще не понимаю откуда он взялся. В результате, валидатор принял задачу, где записываются в файл байты с НЕчётным порядковым номером. Задача решена, но всё равно интересно и хочется разобраться, откуда взялся этот символ. Кусок тестового кода: 
int counter = 1, byteValue;

        while (fileReader.ready()) {
            byteValue = fileReader.read();
            counter++;
            System.out.println((char)byteValue);
            if (counter % 2 == 1) {
                fileWriter.write((char)byteValue);
            }
        }
Содержимое файла 111.txt - "text in file" Ввод: D:/Temporary/111.txt D:/Temporary/222.txt Консоль (по непонятным причинам этот символ даже не захотел копироваться для вставки сюда, поэтому прикрепил скриншот):
D:/Temporary/111.txt D:/Temporary/222.txt  t e x t i n f i l e Process finished with exit code 0