в чем различие таких вещей как:

Integer.parseInt(scanner.nextLine()); читает строку от начала и до символа перевода строки и потом пытается преобразовать её в целое число. Строка "123 456" прочитается целиком и преобразование выдаст ошибку т.к. непонятно что делать с пробелом. scanner.nextInt(System.in); прочитает что-либо что можно интерпретировать как число до первого разделителя. Т.е. "123 456" будет преобразовано в 123. При этом разделитель останется в буфере сканера, т.е. следующим символом (в следующей команде next....()) будет считан пробел. А строка "123" будет преобразована в 123, но в буфере останется символ перевода строки и следующий nextLine() выдаст пустую строку. В общем, если на входе у тебя ряд чисел, разделённых пробелами, используй nextInt(). Если числа вводятся каждое на новой строке, лучше делать через Integer.parseInt(scanner.nextLine());, так надёжнее. int[] array = new int[5]; - ты определяешь переменную array типа массив int и сразу присваиваешь ей ссылку на новый массив из 5 элементов. array = new int[5]; - у тебя где-то ранее определена переменная array, а здесь ты присваиваешь ей ссылку на новый массив. В принципе, можно делать так:

int[] array = new int[5];
// какая-то логика по работе с массивом
// ...............
// логика отработала и массив больше не нужен

array = new int[10];  // этой же переменной присваиваем другой массив
// и дальше работаем с ним

Это сэкономит немного памяти, но это очень плоха практика т.к. ты обязательно ошибёшься и напишешь какую-то логику, думая что работаешь со старым массивом, а на самом деле обращаясь к новому. И твой медицинский рентген-аппарат начнёт убивать пациентов как уже бывало.