Иерархия файлов Java

.java это файл, в котором находится джава код в том виде, в котором мы его пишем. .class это файл, в котором содержится байт-код, результат работы компилятора, который берет наш код, то есть код, который понимает человек и который мы пишем, и компилятор превращает его в код, который понимает машина, на более низко-уровневый. .jar - по сути, это простой архив, но в котором находится наша джава программа. Проблема ведь в том, что как мы можем программу перенести с компьютера на компьютер? Там много папок, много файлов? Или даже не программу, а любую сущность с множеством папок и файлов, проще всего упаковать в один файл, вот таким файлов и является .jar Это все, что тебе нужно знать на данном этапе. Четкая картинка не сложится, пока не будет необходимого для этого объема практики. Сколько раз не читай, в голой теории с многими темами разобраться сложно. А когда у тебя будет опыт, на который можно будет опереться, вот тогда и многое начнет складываться.

В сети полно информации на эту тему. Уже жевано пережовано. Также читай эту замечательную книгу. Там все подробно расписано.