Прошелся дебагом, все четко, как надо. Валидатор говорит обратное, из-за чего он может не принимать?
import java.io.*;

public class Solution {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        FileInputStream inputStream = new FileInputStream(new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in)).readLine());

        byte[] arrayBytes = new byte[inputStream.available()];
        inputStream.read(arrayBytes);

        StringBuilder string = new StringBuilder();

        for(int i = 0; i < arrayBytes.length; ++i) {

            if(arrayBytes[i] == 10 || i == arrayBytes.length - 1) {
                if(string.toString().startsWith(args[0])) {
                    System.out.println(string);
                    string.delete(0, string.length());
                }
                else string.delete(0, string.length());

            } else string.append((char)arrayBytes[i]);
        }

        inputStream.close();
    }
}