Как в этом коде так получается, что mother (this.mother) ассоциируется и с catMother и с catGrandMother, а name(this.name) вообще ссылается на имена всех котов и кошек и каким то образом в итоге правильно их раставляет при выводе не печать Не могу уловить, какая тут связь? 
String grandFatherName = reader.readLine();
    Cat catGrandFather = new Cat(grandFatherName, null, null);

    String grandMotherName = reader.readLine();
    Cat catGrandMother = new Cat(grandMotherName, null, null);

    String fatherName = reader.readLine();
    Cat catFather = new Cat(fatherName, null, catGrandFather);

    String motherName = reader.readLine();
    Cat catMother = new Cat(motherName, catGrandMother, null);

    String sonName = reader.readLine();
    Cat catSon = new Cat(sonName, catMother, catFather);

    String daughterName = reader.readLine();
    Cat catDaughter = new Cat(daughterName, catMother, catFather);

    System.out.println(catGrandFather.toString());
    System.out.println(catGrandMother.toString());
    System.out.println(catFather.toString());
    System.out.println(catMother.toString());
    System.out.println(catSon.toString());
    System.out.println(catDaughter.toString());
}

public static class Cat {
    private String name;
    private Cat mother;
    private Cat father;

    Cat(String name) {
        this.name = name;
    }

    Cat(String name, Cat mother, Cat father) {
        this.name = name;
        this.mother = mother;
        this.father = father;
    }