Массив заполняется, но файл2 пустой, программа выполняется без ошибок через write(int c) пробовал работает
public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException, IOException {
      BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));


      FileReader fileReader = new FileReader("C:\\Users\\olegb\\IdeaProjects\\lol\\src\\com\\company\\file1.txt");
      List<Character> chars = new ArrayList<>();
      while (fileReader.ready()){
          chars.add((char)fileReader.read());
      }
      fileReader.close();
      FileWriter fileWriter = new FileWriter("C:\\Users\\olegb\\IdeaProjects\\lol\\src\\com\\company\\file2.txt");
      int k = chars.size()/2;
      char [] qwe = new char[k];
      for(int i=0, j=0; j<qwe.length; i+=2, j++){
          qwe[j]=chars.get(i);
      }
      fileWriter.write(qwe,0,50);
      System.out.println(qwe[qwe.length-1]);

   }