Мы имеем массив символов. String[] symbols = {" . ", " x ", " X ", "^_^", "RIP"}; Имеем массив matrix, пока состоящей из цифр 1,2,3 или 4. А потом выводим массив на консоль ... один массив вкладываем в другой?
//Рисуем голову змеи (4 - если змея мертвая)
    matrix[snake.getY()][snake.getX()] = snake.isAlive() ? 2 : 4;

    //Рисуем мышь
    matrix[mouse.getY()][mouse.getX()] = 3;

    //Выводим все это на экран
    String[] symbols = {" . ", " x ", " X ", "^_^", "RIP"};
    for (int y = 0; y < height; y++) {
        for (int x = 0; x < width; x++) {
            System.out.print(symbols[matrix[y][x]]);
        }
        System.out.println();
    }
    System.out.println();
    System.out.println();
    System.out.println();
}