после того, как валидатор принял решение, попробовал протестить, как же все-таки работает код и тут я заметил, что папка внутри архива создается, но новый файл не создается, то есть папка пустая - 0 байт два файла, которые были изначально в архиве так же и остаются 
public class Solution {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        Path file = Paths.get(args[0]);
        Map<String, ByteArrayOutputStream> filesInArchive = new HashMap<>();

        try (ZipInputStream zipInputStream = new ZipInputStream(new FileInputStream(args[1])))
        {
            ZipEntry entry;
            while((entry = zipInputStream.getNextEntry()) != null){
                ByteArrayOutputStream arrayOutput = new ByteArrayOutputStream();

                byte[] buffer = new byte[1024];
                int readBytes = 0;
                while ((readBytes = zipInputStream.read(buffer)) > 0){
                    arrayOutput.write(buffer, 0, readBytes);
                }

                filesInArchive.put(entry.getName(), arrayOutput);
            }
        }


        try (ZipOutputStream zipOutputStream = new ZipOutputStream(new FileOutputStream(args[1])))
        {
            String folderName = "new";
            zipOutputStream.putNextEntry(new ZipEntry(folderName + "/"));

            Files.copy(file, zipOutputStream);
            for (Map.Entry<String, ByteArrayOutputStream> pair : filesInArchive.entrySet()) {
                zipOutputStream.putNextEntry(new ZipEntry(pair.getKey()));
                pair.getValue().writeTo(zipOutputStream);
            }
        }
    }
}
подскажите, пожалуйста, в чем причина? поизучал разные решения и во всех добавление файлов выполняются двумя строками или одной 
Path file = Paths.get(args[0]);
Files.copy(file, zipOutputStream);

//или

Files.copy(Paths.get(args[0]), zipOutputStream);
в "правильном решении" через File с последующим преобразованием в path, но это сути ведь не меняет кстати, правильное решение работает как нужно - файл даже открывается и такой еще нюансик, оказывается если неправильно написать код и вылетит исключение, то файл, который хотим добавить в архив (добавлял картинку), портится - он не удаляется, но не открывается, написано "исходный файл не найден", при этом он весит как и раньше. очень интересно