eti ie записывается, но также и записывается много пустоты я так понимаю это пустота из не заполненного массива [fR.read()] . так откуда она там ...
package com.javarush.task.task19.task1906;
import java.io.*;
import java.util.ArrayList;
/*
Четные символы
*/
public class Solution {
public static void main(String[] args) throws IOException {
BufferedReader reader=new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
String fileName1= reader.readLine();
String fileName2= reader.readLine();
reader.close();
try (FileReader fR=new FileReader(fileName1);
FileWriter fW=new FileWriter(fileName2)) {
while (fR.ready()) {
char [] chars=new char[fR.read()];
int aChar=fR.read(chars);
for (int i=0; i< chars.length;i+=2) {
fW.write(chars[i]);
}
}
} catch (IOException e) {
}
}
}