Не принимает по последнему пункту: Нужно добавить вызов метода collectFileList(rootPath) в конструктор FileManager. В конструкторе метод конечно же вызываю, пробовал с this и без него (прочитал в обсуждениях что с this не принимало). Сам метод тестировал на нескольких вариантах каталогов, с вложенными папками и без них, все разы отрабатывал правильно.